Finalmente conseguimos resolver o erro das transacções via MSDTC não estarem a funcionar no nosso ambiente.

Deixo aqui uma solução:

Sempre que ocorrer um erro nas transacções verificar os seguintes pontos:

1.    Se o MSDTC esta activado nas duas máquinas, cliente (onde correr a web/app) e o servidor

2.    Verificar se as configurações estão correctas

3.    Verificar se as firewalls não estão a bloquear os pedidos

4.    Verificar se as máquinas conseguem “pingar” uma a outra por NetBios ( pelo nome da máquina)

Neste caso o problema era o ponto 4, por alguma razão que não conseguimos verificar o porque, a minha
máquina conseguia pingar o servidor,mas o servidor não conseguia pingar a minha pois o IP estava a ser associado a outra máquina.

Solução:

Remover o registo do “Host A” no DNS Server para a máquina que esta a ter o erro,(no meu caso por algum motivo não estava a renovar
o IP no registo)

A seguir foi  necessário efectuar um reset ao router e efecutar um ipconfig /release seguido de um ipconfig /renew bem como um
ipconfig /flushdns no servidor para limpar o dns e adquirir o ip correcto.